El Parque Nacional se gestiona mediante la Comisión de Gestión del Parque Nacional de Picos de Europa, en la que están representadas autoridades administrativas de las tres comunidades autónomas (Asturias, Cantabria y Castilla y León), además de, con voz pero sin voto, un representante de la Administración General del Estado y otro de los Ayuntamientos del Parque Nacional. Cuenta con oficina administrativas y de información al visitante en Cangas de Onís (Asturias), la histórica “Casa Dago”, y en Posada de Valdeón (León) y Tama (Cantabria). A su vez, la sede principal del Parque Nacional y del Consorcio Interautonómico constituido por las tres CC.A. para la ejecución de las actuaciones comunes de gestión del Parque, tiene su sede en Oviedo.El parque nacional cuenta con tres Co-Directores (uno por cada Comunidad Autónoma), a los qe corresponden las actuaciones de gestión en sus respectivos ámbitos territoriales, ejerciendo uno de ellos, por turno anual rotatorio, la función de Director-Conservador de cara a la Red de Parques Nacionales y otras funciones representativas. El Co-Director que ejerce de Director lohace también como Gestor de la Reserva de la Biosfera. El Parque cuenta con una plantilla de 75 trabajadores fijos, dedicados a labores de atención al público, educación ambiental, guardería, etc.
La Ley 30/2014, de 3 de diciembre, de Parques Nacionales, establece en su artículo 21 que la gestión y organización de los parques nacionales corresponde a las comunidades autónomas. En los casos de los parques nacionales, que se extienden por territorios de dos o más comunidades autónomas, el Gobierno de la Nación y los órganos de gobierno de dichas comunidades podrán suscribir acuerdos para establecer fórmulas complementarias de gestión y administración. Para el caso concreto de este espacio protegido, las comunidades de Cantabria, Castilla y León y el Principado de Asturias suscribieron un convenio de colaboración para la gestión coordinada del Parque Nacional de Picos de Europa, estableciendo los siguientes órganos de gestión, participación y coordinación:
Toda esta estructura administrativa viene recogida en el Convenio de Cooperación y en los “Estatutos reguladores de los órganos de gestión y participación, y del Consorcio para la gestión coordinada del Parque Nacional de los Picos de Europa”, que pueden consultarse en el apartado de “Normativa” de esta página web.