Existe, no obstante, cierta variedad climática en los Picos de Europa, por un lado favorecida por el amplio gradiente altitudinal. Encontramos, de este modo, pequeños reductos de clima más mediterráneo en los fondos de algunos valles. Si dividimos altitudinalmente los Picos de Europa en pisos bioclimáticos (en función de la temperatura), encontramos los siguientes:
- piso colino (0-500 m).
- piso montano (500-1.600 m).
- piso subalpino (1.600-2.200 m).
- piso alpino (>2.200 m).
En las altitudes más bajas encontramos las temperaturas más suaves mientras que en las zonas más elevadas el clima es más riguroso. Este gradiente altitudinal del clima determinará, como veremos más adelante, la presencia de unas u otras especies. Por lo tanto, es una muestra más de cómo el amplio rango altitudinal de los Picos de Europa favorece una gran diversidad de ecosistemas.