Cursos subterráneos
A pesar de tener una pluviometría propia de zonas húmedas o subhúmedas, las aguas superficiales son escasas en las zonas más altas de los macizos montañosos. Esto se debe a la naturaleza kárstica de la mayor parte del Parque Nacional, formada por la Unidad Geológica de los Picos de Europa. La infiltración del agua a través de simas y conductos verticales favorece la existencia de una amplia red de cursos subterráneos que afloran a los ríos principales a través de surgencias periféricas. Los principales ríos del Parque son el Sella y el Cares. El río Deva, aunque es también un río importante, está incluído en menor proporción dentro de los límites administrativos del Parque Nacional. A parte de los cursos principales encontramos otros de menor magnitud, afluentes o subaflentes de los primeros, entre los que destacan el Dobra, el Junjumia, el Bulnes, el Duje, el Nevandi y el Urdón.
Ríos
Los ríos de los Picos de Europa han sido elementos de gran importancia en la configuración del paisaje actual. Dividen las principales unidades geográficas como son los diferentes macizos que conforman el paisaje y han creado imponentes elementos geográficos entre los que destacan las gargantas del Cares y del Sella. En las zonas bajas sí son comunes los cursos de agua de menor magnitud.
Lagos y lagunas
No puede dejar de citarse la existencia en el Parque Nacional y en gran medida vinculadas a los procesos glaciares, de un singular número de lagos o lagunas, destacando al respecto los Lagos de Covadonga (Enol y de La Ercina), en el Macizo Occidental, o la Laguna de Andara, en el Macizo Oriental, lamentablemente reducida a una mínima expresión por actividades humanas vinculadas a la explotación minera de su entorno. Las lagunas de Liordes, de Lloroza, de Moñetas y otras variadas, completan estos accidentes hidrográficos en el Parque.